Theological crisis

Thats a slight exaggeration.  But here's the question, and it has critical theological ramifications.

The Rambam (peirush hamishnayos end of seventh perek of chullin) is adamant that all the mitzvos we do, we do because we were commanded at sinai - even if some mitzvos were given before sinai, the tzviuy from before sinai isnt what is mechayev - only the tzivuy from sinai counts:

ושים לבך לכלל הגדול הזה המובא במשנה זו והוא אמרם מסיני נאסר, והוא, שאתה צריך לדעת שכל מה שאנו נזהרים ממנו או עושים אותו היום אין אנו עושים זאת אלא מפני צווי ה' על ידי משה, לא מפני שה' צוה בכך לנביאים שקדמוהו, דוגמא לכך, אין אנו אוכלים אבר מן החי לא מפני שה' אסר על בני נח אבר מן החי, אלא מפני שמשה אסר עלינו אבר מן החי במה שנצטווה בסיני שישאר אבר מן החי אסור. וכן אין אנו מלים בגלל שאברהם מל את עצמו ואנשי ביתו, אלא מפני שה' צונו על ידי משה להמול כמו שמל אברהם עליו השלום, וכן גיד הנשה אין אנו נמשכים בו אחרי אסור יעקב אבינו אלא צווי משה רבינו, הלא תראה אמרם שש מאות ושלש עשרה מצות נאמרו לו למשה בסיני, וכל אלה מכלל המצות.

A question that we will need to get back to to answer my primary question: why is the rambam so adamant about this, and why is this such an important "klal gadol".

But before we discuss that, the primary question:  As you can see in the second bolding, one of the rambam's examples of a mitvzah given before sinai is the mitzvah of milah in this week's parsha, and the rambam explicitly writes that the tzivuy to avraham is not what binds us - rather it is the tzivuy from moshe that we care about.

How do you square that with the pashut pshat in the psukim:

(ט) וַיֹּאמֶר אֱלֹהִים אֶל־אַבְרָהָם וְאַתָּה אֶת־בְּרִיתִי תִשְׁמֹר אַתָּה וְזַרְעֲךָ אַחֲרֶיךָ לְדֹרֹתָם:
    (י) זֹאת בְּרִיתִי אֲשֶׁר תִּשְׁמְרוּ בֵּינִי וּבֵינֵיכֶם וּבֵין זַרְעֲךָ אַחֲרֶיךָ הִמּוֹל לָכֶם כָּל־זָכָר:
    (יא) וּנְמַלְתֶּם אֵת בְּשַׂר עָרְלַתְכֶם וְהָיָה לְאוֹת בְּרִית בֵּינִי וּבֵינֵיכֶם:
    (יב) וּבֶן־שְׁמֹנַת יָמִים יִמּוֹל לָכֶם כָּל־זָכָר לְדֹרֹתֵיכֶם יְלִיד בָּיִת וּמִקְנַת־כֶּסֶף מִכֹּל בֶּן־נֵכָר אֲשֶׁר לֹא מִזַּרְעֲךָ הוּא:
    (יג) הִמּוֹל יִמּוֹל יְלִיד בֵּיתְךָ וּמִקְנַת כַּסְפֶּךָ וְהָיְתָה בְרִיתִי בִּבְשַׂרְכֶם לִבְרִית עוֹלָם:
    (יד) וְעָרֵל זָכָר אֲשֶׁר לֹא־יִמּוֹל אֶת־בְּשַׂר עָרְלָתוֹ וְנִכְרְתָה הַנֶּפֶשׁ הַהִוא מֵעַמֶּיהָ אֶת־בְּרִיתִי הֵפַר: ס

Hashem specifically commands Avraham in a tzivuy lidoros (notice the boldings) - how can that tzivuy be batel?  How could it be that we are not obligated to do milah because hashem commanded avraham in a tzivuy lidoros?  Do we not fulfill that tzivuy when we do milah?

Check out the rambam's language by mitzvas milah in sefer hamitzvos:

 והמצוה הרט"ו היא שצונו למול את הבן והוא אמרו יתעלה לאברהם (ס"פ לך) המול לכם כל זכר

(notice the bolded, underlined, and italicized word for emphasis)

The tzivuy of milah is the one that was given to avraham - how do we make sense of that?

(Lest you think this is a kashya by all mitzvos that were given pre-mattan torah, its not true.  Look at the leshonos in sefer hamitzvos and the pesukim vitimtzah nachas.)

I asked R Twersky about this issue, and while he didn't have answer, suggested a direction to think in.  I still need to think about it more before I can think about attempting to formulate an answer.  But this is a major theological crisis.  Ideas, anybody?